1951-1960
Periode Rintisan
Periode ini dimulai dengan Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam 
Indonesia
(UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) yang diatur dengan
Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950 Tanggal 14 Agustus 1950 dan
Peresmian PTAIN pada tanggal 26 September 1951. Pada Periode ini,
terjadi pula peleburan PTAIN (didirikan berdasarkan Peraturan Presiden
Nomor 34 Tahun 1950) dan ADIA (didirikan berdasarkan Penetapan Menteri
Agama Nomor 1 Tahun 1957) dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor
11 Tahun 1960 Tanggal 9 Mei 1960 tentang Pembentukan Institut Agama
Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al-Jami'ah al-Islamiyah al-Hukumiyah.
pada periode ini, PTAIN berada di bawah kepemimpinan KHR Moh Adnan
(1951-1959) dan Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya (1959-1960)
Periode ini dimulai dengan Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam Indonesia
(UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) yang diatur dengan
Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950 Tanggal 14 Agustus 1950 dan
Peresmian PTAIN pada tanggal 26 September 1951. Pada Periode ini,
terjadi pula peleburan PTAIN (didirikan berdasarkan Peraturan Presiden
Nomor 34 Tahun 1950) dan ADIA (didirikan berdasarkan Penetapan Menteri
Agama Nomor 1 Tahun 1957) dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor
11 Tahun 1960 Tanggal 9 Mei 1960 tentang Pembentukan Institut Agama
Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al-Jami'ah al-Islamiyah al-Hukumiyah.
pada periode ini, PTAIN berada di bawah kepemimpinan KHR Moh Adnan
(1951-1959) dan Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya (1959-1960)1960-1972
Periode Peletakan Landasan
Periode
ini ditandai dengan Peresmian IAIN pada tanggal 24 Agustus 1960. Pada
periode ini, terjadi pemisahan IAIN. Pertama berpusat di Yogyakarta dan
kedua, berpusat di Jakarta berdasarkan Keputusan Agama Nomor 49 Tahun
1963 Tanggal 25 Februari 1963. Pada periode ini, IAIN Yogyakarta diberi
nama IAIN Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 26
Tahun 1965 Tanggal 1 Juli 1965. Pada periode ini telah dilakukan
pembangunan sarana dan prasarana pendidikan, dimulai dengan pemindahan
kampus lama (di Jalan Simanjuntak, yang sekarang menjadi gedung MAN 1
Yogyakarta ) ke kampus baru yang jauh lebih luas (di Jalan Marsda
Adisucipto Yogyakarta). Sejumlah gedung fakultas dibangun dan di
tengah-tengahnya dibangun pula sebuah masjid yang masih berdiri kokoh.
Sistem pendidikan yang berlaku pada periode ini masih bersifat 'bebas'
karena mahasiswa diberi kesempatan untuk maju ujian setelah mereka
benar-benar mempersiapkan diri. Adapun materi kurikulumnya masih mengacu
pada kurikulum Timur Tengah (Universitas Al-Azhar, Mesir) yang telah
dikembangkan pada masa PTAIN. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga
berada di bawah kepemimpinan Prof. RHA Soenarjo, SH (1960-1972).
Periode
ini ditandai dengan Peresmian IAIN pada tanggal 24 Agustus 1960. Pada
periode ini, terjadi pemisahan IAIN. Pertama berpusat di Yogyakarta dan
kedua, berpusat di Jakarta berdasarkan Keputusan Agama Nomor 49 Tahun
1963 Tanggal 25 Februari 1963. Pada periode ini, IAIN Yogyakarta diberi
nama IAIN Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 26
Tahun 1965 Tanggal 1 Juli 1965. Pada periode ini telah dilakukan
pembangunan sarana dan prasarana pendidikan, dimulai dengan pemindahan
kampus lama (di Jalan Simanjuntak, yang sekarang menjadi gedung MAN 1
Yogyakarta ) ke kampus baru yang jauh lebih luas (di Jalan Marsda
Adisucipto Yogyakarta). Sejumlah gedung fakultas dibangun dan di
tengah-tengahnya dibangun pula sebuah masjid yang masih berdiri kokoh.
Sistem pendidikan yang berlaku pada periode ini masih bersifat 'bebas'
karena mahasiswa diberi kesempatan untuk maju ujian setelah mereka
benar-benar mempersiapkan diri. Adapun materi kurikulumnya masih mengacu
pada kurikulum Timur Tengah (Universitas Al-Azhar, Mesir) yang telah
dikembangkan pada masa PTAIN. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga
berada di bawah kepemimpinan Prof. RHA Soenarjo, SH (1960-1972).